《石河子大學學報(自然科學版)》前身為1975年石河子農學院編輯出版的《兵農科技》(油印本)，1976年更名為《科技通訊》(鉛印本)。后在出版《科技通訊》40期的基礎上，于1983年創刊編輯出版了《石河子農學院學報》。1985年獲得ISSN中國國家中心分配的國際標準連續出版物號ISSN 1000-2855，1997年5月變更為ISSN 1007-7383。

　　1986年經新疆維吾爾自治區文化廳進行了期刊登記，獲準編輯出版，批號新字第872號，1988年變為新疆維吾爾自治區期刊登記證第872號。

　　1986年獲取美國國際CODEN中心分配的國際期刊刊名CODEN代碼：SNOXEQ，1997年變更為SXZKFB

　　1994年1月獲批《石河子農學院學報》國內統一刊號CN 65-1161/S，國科通[1994]5號文，季刊，80頁。

　　1997年1月經新疆維吾爾自治區出版局批準，《石河子農學院學報》更名為《石河子大學學報(自然科學版)》(國科發信字[1997]019號文)，國內統一刊號變更為CN 65-1174/S，2000年變更為CN 65-5009/N，2007年變更為CN 65-1174/N。

　　期間，1983年和1987年為年刊，1984-1986年、1988-1989年為半年刊，1990-1991年每年3期，1992年改為季刊。經新疆維吾爾自治區新聞出版局批準，2001年學報頁碼增至94頁，2004年由季刊變更為雙月刊，2005年頁碼由92頁增至132頁。

　　二、基本現況

　　石河子大學學報(自然科學版)》是石河子大學主管、主辦的綜合性自然科學類學術期刊。本刊的辦刊宗旨是：立足本校，面向國內外，注重學術性，及時報道最新的科技研究成果，促進國內外學術交流與合作，為教學、科技的進步和社會發展服務。現設有研究前沿、化工·材料·食品、機械·電氣工程、農業·林業、畜牧·獸醫、水利·建筑工程、生物·環境、醫學·藥學、計算機技術·信息工程、數學·物理10個欄目。

　　本刊已入編北京大學《中文核心期刊要目總覽》和中國科技核心期刊，連續榮獲“中國科技核心期刊”、“中國高校優秀科技期刊”等稱號。目前被美國《化學文摘》(CA)、日本《科學技術振興機構數據庫》(JST)、《中國科技論文與引文數據庫》(CSTPCD)、《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《中國期刊全文數據庫》、《中國科技論文統計源期刊》、《中國學術期刊網絡出版總庫》、《中國生物學文獻數據庫》、知網、萬方、維普等各大數據庫全文收錄。

　　本刊現為雙月刊，國內外公開發行，132頁，逢雙月25日出版，發行、交流覆蓋全國98個省市圖書館、多所高校、圖書館及科研院所。