在歷年《中國科技期刊引證報告》（核心版）統計中，《針刺研究》的影響因子、即年指標、平均引文數、基金論文比等指標均位居前列。2010年起，其影響因子在100余種中醫藥學期刊中基本保持在第一位；連續被評為“RCCSE中國權威學術期刊”；在中醫藥科技期刊分級目錄中位列T1級；2023年被評為“第6屆中國精品科技期刊”。