入選中國高質量科技期刊分級目錄(消化病學)T1級、《中國學術期刊影響因子年報(自然科學與工程技術)》Q1區、《科技期刊世界影響力指數(WJCI)報告(2022)》;為全國百強報刊、2016—2023年百種中國杰出學術期刊、2014—2023年中國精品科技期刊、中國精品科技期刊頂尖學術論文(F5000)項目來源期刊、中國科技論文統計源期刊、中國自然科學類核心期刊、中華醫學會優秀期刊;已被《中文核心期刊要目總覽》(2020年版)、中國科學引文數據(CSCD<核心庫>)、RCCSE中國核心學術期刊(A+)、Scopus數據庫等19個國內外著名檢索系統收錄。根據2023年版《中國科技期刊引證報告(核心版)》，《中華消化外科雜志》核心影響因子3.588，綜合評分92.8分，在普通外科學、胸外科學、心血管外科學類核心期刊中均排名第1;在2165種自然科學與工程技術領域中國科技類核心期刊中排名第7。