1998年《中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)》獲得全國(guó)優(yōu)秀水產(chǎn)報(bào)刊評(píng)選一等獎(jiǎng)。2000年獲首屆《中國(guó)學(xué)術(shù)期刊(光盤版)》檢索與評(píng)價(jià)數(shù)據(jù)規(guī)范執(zhí)行優(yōu)秀獎(jiǎng)。2002年榮獲第三屆“全國(guó)優(yōu)秀農(nóng)業(yè)期刊獎(jiǎng)”。2012年獲得“中國(guó)國(guó)際影響力優(yōu)秀學(xué)術(shù)期刊”稱號(hào)。自創(chuàng)刊以來(lái), 先后五次被評(píng)為“中國(guó)百種杰出學(xué)術(shù)期刊”，連續(xù)多年全國(guó)科技類期刊綜合排名前十位，并連續(xù)5次獲“中國(guó)精品科技期刊”稱號(hào)。2013年獲得全國(guó)“百?gòu)?qiáng)期刊”榮譽(yù)。

　　《中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)》被國(guó)內(nèi)三大主流期刊評(píng)價(jià)體系收錄為統(tǒng)計(jì)刊源，分別為中國(guó)科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(kù)(CSCD)核心庫(kù)、中國(guó)科技論文與引文數(shù)據(jù)庫(kù)(CSTPCD)核心庫(kù)以及《中文核心期刊》要目總覽核心庫(kù)。國(guó)際方面被多家權(quán)威知名數(shù)據(jù)庫(kù)收錄，如被荷蘭Scopus數(shù)據(jù)庫(kù)，美國(guó)《海洋文摘》、《化學(xué)文摘》、《劍橋科學(xué)文摘》《生物學(xué)文摘》數(shù)據(jù)庫(kù)，英國(guó)《動(dòng)物學(xué)記錄》數(shù)據(jù)庫(kù)，俄羅斯《文摘雜志》數(shù)據(jù)庫(kù)以及聯(lián)合國(guó)《水科學(xué)和漁業(yè)文摘》收錄。在國(guó)內(nèi)外具有較高影響力。