我國的事業單位已經建立了龐大的體系，就數量來說，超過了120多萬家；就人數來說，有在職人員3000余萬，退休人員900余萬，就涉及到的行業來說，涉及到科教文衛、農林水利、新聞出版、環保技監等諸多領域；從資產規模來看，擁有近3000億國有資產.事業單位實行績效工資，涉及的面非常廣，政策性非常強，改革的要求非常迫切，筆者認為，對事業單位實行績效工資主要應注意以下幾個問題。
　　一、以崗位為基點確定績效考核目標。
　　績效工資實際是一種崗位工資，原來主要在企業單位實施，它是以職工被聘上崗的工作崗位為主，根據崗位技術含量、責任大小、勞動強度和環境優劣確定崗級，以企業經濟效益和勞動力價格確定工資總量，以職工的勞動成果為依據支付勞動報酬，是勞動制度、人事制度與工資制度密切結合的工資制度。績效工資從本義上說，應是根據工作成績和勞動效率確定報酬。但在實踐中，由于績效的定量不易操作，所以除了計件工資和傭金之外，更多是指依據雇員績效而增發的獎勵性工資，績效工資實施的步驟是定崗位職責、定崗位職教、定崗位雇員、定人數績效、定獎勵工資。人隨崗走、薪隨崗變。通俗地說，就是一個坑一個蘿卜，蘿卜的價格看蘿卜的真正的市場價值。確定合理的崗位職責和崗位比例，是實施績效工資的關鍵所在。
　　二、正確全面地理解事業單位績效
　　事業績效沿襲來源于企業績效。企業績效主要是指經濟效益，同時企業也要承擔社會責任，考慮和兼顧社會效益。從基本特點來說，企業更測重于微觀效益，企業在追求自身微觀效益的同時客觀上形成了社會效益，如提供產品和服務，吸納就業人員，繳納稅收等。而事業單位的實質是提供公共服務，在目前這場績效工資改革中，我們對事業單位分類的主要依據仍是事業單位的公益性程度，按照這一標準將事業單位主要分成三類：純公益類、準公益類和企業類。在這場改革中，我們仍然要堅持這個事業的基本屬性。如高校必須圍繞“辦什么樣大學”和“培養什么樣的人”這兩大主題來辦大學。中小學教育必須堅持社會主義辦學方向，不能以升學率作為教師績效的主要依據，甚至唯一依據。而必須以師德為先，把德育放在首位，全面考察教師實施素質教師的在崗表現和實績。醫務工作者必須以就醫者的“滿意度”為主要衡量指標，重在服務質量和服務效果。不能以醫療收入、創收作為衡量績效的主要標準，防止“大處方”，不合理檢查、用藥以及延長患者的治療期，嚴禁醫務收入分配和醫療服務收入掛鉤。
　　三、切實貫徹按勞分配，摒棄平均主義
　　這既是一個老話題，也是一個老問題。對于事業單位來說，由于其績效考核的彈性和相對性更大，因而在實際工作中如何實施按勞取酬有更大的難度和復雜性。從理論上來分析和定性，這個問題似乎并不難，就是看一個雇員的潛在勞動、活勞動和物化勞動，通俗地說，就是看他能夠做什么、做了點什么和做得怎么樣。我們過去在相當長的時期內，把衡量收入的著眼點主要地放在了潛在勞動上，即一個人的現有能力和勞動技能，表現在主要以學歷、職稱為確定薪金的主要依據。但目前的績效改革中，可能會走向另一個極端，那過分地強調物化勞動，僅僅看工作的實際效果。這也是不正常的，甚至是十分可怕的。這不僅會浪費社會勞動，形成“劣幣驅逐良幣”，也許會為不正之風開方便之門，形成社會的不穩定。筆者認為，崗位聘任在一般情況下，必須以取得相應崗位資格為先決條件，一般情況不得破格聘任，破格必須經過非常規范和嚴格的程序。大學生和工人就業時于相同崗位時其崗位的薪級應該有明確的區別。筆者相信，這不會妨礙大學生就業，而是體現了“復雜勞動是倍加的簡單勞動”這一經濟學原理，也體現了勞動力價格的構成和市場化。
　　需要特別論及的是，有少數人認為，在事業單位的工資構成的四個部分中（以專業技術系列為例）。崗位工資、薪級工資和津補貼已經體現了按勞分配，30%部分的獎勵性工資應該平均分配，或主要是平均分配，不然的話，就是分配不公。還有人說，過去一直是平均分配或基本平均，現在也不能“拉開檔次”，“大家都是人”。實際上，從理論上說，崗位工資、薪級工資、津補貼主要和雇員的“潛在勞動”和“活勞動”相聯系，而獎勵性工資才主要和“物化勞動”相聯系，是績效工資的亮點和主要體現按勞分配的部分。更應該按照“拉開檔次”的要求，按照在崗實際貢獻確定合理檔級和收入水平。充分體現獎勤罰懶，獎優罰劣，切實維護在崗奉獻者的利益，防止那種“洪湖水，浪打浪，干的不如看的，看的不如搗蛋的”情況發生。
　　四、人事和勞動部門要做好宏觀調控和政策銜接工作
　　在實施績效工資的情況下，財政部門對事業單位實施收入“總量控制”或其他政策性導向。從目前實際情況看，有些地方對全額拔款的事業單位實施“總量控制”的辦法是象拔辦公經費那樣按人頭數乘以單位在編并在崗的人數員得出“獎勵性工資”的總量，然后由各事業單位組織實施分配。這種簡單化的做法在實踐中已引起了不少問題：主要是平均主義分配盛行，人數少崗位高且多的事業單位分配矛盾大，高崗人員難以得到社會平均相應收入以及相應引起的相同崗位在不同單位之間收入懸殊，領導將許多精力放在內部分配上難以擺平，以及隨之而來的無奈和冤憤。筆者認為，“總量控制”不宜采用這種方法，而應該以崗位和崗位職數為依據，統計出在崗在職人數，將不同崗位和不同崗級的人員數分別乘以相應的“獎勵性工資基數”，然后再分別相加，得出某一單位的“獎勵性工資”調控總數，然后由單位按核定的總量進行內部分配。有人認為，這會演化為“對號入座”，但即使如此，這種做法比那種簡單的按人頭點卯的做法要科學得多，合理得多，更主要的是這傳導了一種正確的政策導向：各單位應該努力吸納高層次人才，要優化組合，不能通過“劣化組合”而獲得收入，不能讓高職高崗者吃虧，也不能損害低崗低職者的合理收入。
　　9月2日，國務院決定在公共衛生與基層醫療衛生事業單位和其他事業單位實施績效工資時，提出了“實施績效工資與清理規范津貼補貼相結合”的原則，并且作為“四條基本原則”的第一條。有人認為，清理規范津貼補貼的著眼點是降低事業單位人員的收入水平，筆者認為，這種認識有一定偏頗，清理規范津貼、補貼就是要確立津貼補貼的名目和總量規模。根據不同類型事業單位的性質，確立事業單位津貼補貼的一般名義和常規總量。第二是津貼、補貼的清理和銜接問題。在江蘇省的許多地方，公務員工資改革是在2007年下半年作為計策起始月的士，有的是從上半年作為計算起始月時間的。而正式實施的時間是2008年的下半年，至今已2至3年，這期間公務員的工資做了三件事：一是清理，二是增加，三是補足。清理恐怕沒有做到位，甚至根本沒有做，發了就發了，沒有發是因為沒有錢。增加就是以新的級別工資和職務工資為基礎按新工資標準從工改實施之月起按新標準發放。補足就是從實施之月起追溯至計算起始月。而與此同時，事業單位則原則性提出按上年度的老“黃歷“、老辦法繼續執行。實際上仍然是各個事業單位各自為政，具體執行的情況和尺度完全由各單位領導掌握。因此，清理是必要的，但可能由于種種原因可能會流產。至于增加，可能只能按照“三步走”的時間表，即在2009年1月在義務教育學校實施；2009年10月1日，在公共衛生機構和基層衛生事業單位實施，2010年1月1日起，在其他事業單位實施。這一時間表，僅就法定的要與當地公務員享受同等待遇的義務教育階段教師而言也比公務員足足晚了一年半。這期間的收入如何與公務員的工資水平大致相同甚至高出。有關部門要制定銜接政策，明確說明資金來源和操作辦法，不然會損害廣大事業人員的利益，不利于提高公務員的社會形象、公共形象，不利于維護法律的尊嚴和地位。要通過政策導向，鼓勵人們到事業單位去，那種幾十人、幾百人甚至上千人爭奪一個公務員崗位的現象，不是一種好現象。