行政事業單位實行會計集中核算,在規范會計基礎工作、節約成本、提高會計信息質量、預防腐敗等方面起到了積極作用,但同時也存在著諸多問題。如何趨利避害，提高行政事業單位會計核算的效益與效率值得探討。
　　一、行政事業單位會計集中核算的優勢
　　1、有利于規范會計基礎工作，提高會計信息的質量
　　會計信息作為一種重要的社會資源，在促進社會資源優化配置、加強內部管理和為國家宏觀調控服務等方面的重要作用，越來越被人們所認識，但會計信息失真已影響到經濟發展的方方面面。因此，加強監管，規范會計核算，提高會計信息質量，成為公共需要，會計集中核算作為會計委派制的一種形式也就得以實施。實行會計集中核算以后，行政事業單位的會計業務納入到核算中心統一核算，在運用先進會計電算化系統的基礎上，核算中心工作人員嚴格按照國家統一會計制度進行核算，從而大大提高了會計核算工作的質量，保證了會計核算資料的真實性、完整性、及時性和統一性。
　　2、有利于強化財政監督，防微杜漸
　　實行會計集中核算后，實現了財政部門對財政資金支出的全程監督，有利于財政部門對資金加強統一管理，使資金調度更加靈活，有效提高了資金的使用效率，單位的每一項支出都必須經過會計中心的嚴格審核，不合規定的票據不予受理，不合理的開支不予報銷，對超范圍、超標準的違紀、違規支出堅決予以拒付，保證財政資金的安全。
　　3、有利于預算制度改革，逐步實現公平分配和提高行政效能
　　在原來分散核算體制下，由于依法理財的運行機制還沒有完全建立，財政資金支出管理缺乏嚴密規范的監督機制，導致各單位嚴重的分配暗箱操作和隨意性大的現象。不少單位領導為了改善干部職工的福利待遇，超越有關制度規定甚至非法通過一些創收來籌集資金；少數單位不顧財經紀律，挪用轉項經費，隨意將單位的專項資金當作福利資金，給小團體發放獎金福利補貼，使預算單位之間出現了明顯的收入差距和分配不公。這種苦樂不均的狀況，不僅造成攀比之風盛行，還影響干部職工的積極性和正常崗位的輪換，以至出現行政不公的現象，阻礙行政效能的提高。實行會計集中核算制后，取消了單位銀行賬戶，單位所有個人獎勵發放都必須進入核算中心核算，大大提高了干部職工福利待遇的收入透明度。從而為切斷權利與利益的直接聯系，逐步實現公平分配，為進一步規范收入分配制度奠定了良好的基礎。
　　4、有利于提高會計人員的綜合素質
　　集中核算以后，全系統會計人員聚集一堂，便于相互學習，取長補短，交流經驗，共同研討，從而提高了會計人員的職業判斷能力。與此同時，會計人員由過去的只為本單位的會計行為負責，履行本單位會計核算職能，轉變為同時要為會計核算中心負責的雙重責任，從而增強了會計人員的使命感和責任感。
　　二、行政事業單位會計集中核算存在的問題
　　1、會計責任主體不明
　　《會計法》一是突出強調了單位負責人對本單位會計工作和會計資料真實性和完整性的責任，即單位負責人是本單位會計行為的責任主體；二是加大了對違法會計行為的懲治力度。實行會計集中核算以后，取消了各預算單位原有的會計崗位和會計核算職能，會計主體不負責會計核算業務，而負責會計核算的機構不是會計主體，這種情況有悖《會計法》的相關規定。發生違法會計行為后，由于預算單位和會計核算中心職責不明，會計責任主體不好落實，難以分清。
　　2、內部控制制度弱化。
　　行政事業單位財務納入會計核算中心后，其原有的會計出納相互牽制及內審制度被不同程度地弱化，財務會計知情面縮小，雖然核算中心在代理記賬時，也履行了牽制和監督職能，但由于其置身單位外部，對單位經濟業務只知其表，不知其里，表現在支出的合理性，發票的真實性難以把握，造成了財務管理與會計核算分離，失去了實地實時監督的優勢，單位報賬時，會計中心只能根據經驗來判斷，一是看報賬發票的手續是否完備；二是看票據是否規范合法。只要手續完備，票據合法有效，不管反映的經濟內容是否真實，都必須報銷。這就使得一些單位假借住宿、會議、印刷、修理、運輸、勞務費、代辦費開支等合規票據列支送禮、超標準吃喝招待、濫發獎金，補貼、公款旅游等不合規支出，造成了新的監管隱患。
　　3、 財務管理職能削弱
　　首先會計核算集中后，各會計主體的財務自主權和資金使用權不變。由于會計信息的滯后性和會計服務的限制性：一方面，出現單位負責人不能及時了解本單位的財務資金狀況，從而導致單位負責人隨心所欲、不切實際審批資金現象的發生；另一方面，核算中心的會計人員由于不為原單位核算，不能對單位領導的資金調撥起到參謀與監督作用。其次會計中心將記賬、算賬等工作進行集中，而財產物資等需要反映的客觀經濟事物仍分散在單位。如果單位領導與報賬員法制觀念淡薄，或因工作疏忽而不提供真實情況，會計中心將無從得知各單位的資產實有狀況。特別是固定資產，會計中心只核算一級總賬科目，明細賬仍由單位登記保管，財產物資由原單位進行管理。再次往來款項不能及時清理。由于核算中心人員對各單位情況了解較少,加之部分單位又不能及時報賬,有的往來款項年復日久變成了呆賬死賬,最終予以核銷,從而造成國有資產流失。
　　4、 對審計工作產生一定影響
　　實行會計集中核算，單位的財務收支通過會計核算中心較為嚴格的審核，這種審核既是會計監督，也是財政監督，從某種意義上說還是政府監督，集中核算后單位的經濟事項更為合法合規，財務收支等反映更為真實，但同時也給審計認定責任、明確處罰主體增加了困難。
　　三、行政事業單位健全會計集中核算的措施
　　1、明確職責與責任
　　會計集中核算，只是會計管理體制上的一種改革，沒有改變單位的經濟體制與經濟地位，且會計原始資料來源未變，會計核算基礎未變，資金使用權和財產所有權未變，核算中心只是單位空間的延伸，單位負責人仍是會計人員的指揮者、協調者、督促者。因此，單位負責人理應仍然是單位的會計責任主體，應對會計工作及會計資料的真實性、完整性負責。會計核算中心履行會計核算職能，充分發揮會計監督職能，負責提供單位的會計核算資料，完善財務審批制度，建立財產清查制度，對財務收支的合法合規性和真實完整性進行審核，行使會計核算、財務分析、業務監督、報表編報和檔案管理等功能，如果會計核算資料的真實性、完整性摻進了雜質，出現了問題，會計核算中心負責人，乃至負責核算的會計人員也理應有一定的責任。
　　2、完善內外監控制度
　　首先，核算中心應建立一套綜合的、公正的、有效的考評激勵機制，并相應建立“監督獎勵基金”，把會計人員的工作成果與經濟利益掛鉤，充分調動會計人員的監督積極性。其次，對于單位，應加強單位領導層的建設，提高他們的法律意識，加強自我約束的能力，使之自覺有效的依法辦事，從源頭上保證了票據的真實性和合法性。最后，財政、審計部門應加強對中心的監控，每年一審的檢查，不可因其的特殊身份而予以減免，并對會計專管實行定期輪崗交換，在每一任職年限期滿后，由有關部門對核算會計實行離任審計制，確保核算中心的陽光作業。
　　3、完善制度，加強核算，提高財務管理水平
　　首先要加強財務管理，規范會計行為，制度是重要保證。要根據《會計法》和《會計基礎工作規范》的規定，結合本單位內部管理的需要，建立健全相應的內部財會管理制度；建立財會崗位職責制度和考核制度，明確責任和權限；建立單位內部牽制制度和財務處理程序制度，財會機構內部要做到錢帳分管，分工明確，責任清楚；建立收支審批和稽核制度，明確審批和稽核的權限、程序、責任。建立計量驗收與財產清查制度，明確財產物資管理人員，并明確其責任，防止出現管理漏洞。其次應加強往來款項、債權債務管理。會計中心在核算時對收到的款項要認真辨別款項性質并區別處理，從而避免將往來款與預算外收入、其他收入串戶入賬。對往來款項定期清理，避免長期掛帳。會計中心應定期打印出往來款項明細賬給單位核對，催促單位定期清理往來款項，避免因長期掛賬而形成賬項不清，甚至形成壞賬。
　　4、 對審計監督范圍予以調整
　　實行會計集中核算，可以將被審計單位和會計核算中心共同納入審計監督范圍，除審查會計核算中心提供的會計報表、帳冊、憑證等資料外，同時對被審計單位的內控制度進行評估和測試，對被審計單位的重點事項和重大資金實地勘踏調查，對異常開支和往來款項進行追蹤審計。在審計責任界定上，對會計核算和資金核算上的問題由會計核算中心負責，對財務決策和資金使用等其他問題由被審計單位負責，對串通違紀違規的由雙方共同負責。